Uygurlar, Asya Hun Devleti’ne bağlı olarak Orhun ve Selenga nehirleri boyunca yaşamışlardır. II. Kök Türk Devleti’nin son dönemlerinde Basmiller ve Karluklarla birleşen Uygurlar, bu devlete son vererek kendi siyasi varlıklarını (744) oluşturmuşlardır. Uygurların siyasi merkezi Ötüken’dir.
Kutluk Bilge Kül Kağan Dönemi: Uygurların ilk hakanı Kutluk Bilge Kül Kağan’dır (744-747). Bu dönemde başkent, Ötüken’den Orhun Nehri kıyısındaki Ordubalıg’a (Karabalgasun) taşınmış ve devletin sınırları Amur Irmağı’ndan Altay Dağları’na kadar genişlemiştir. Kutluk Bilge Kül Kağan’ın vefatından sonra, Uygurların en parlak dönemini yaşayan oğlu Moyen-Çur (747-759) tahtı devralmıştır.
Moyen-Çur (Bayan-Çur) Dönemi: Moyen-Çur tahta geçtiğinde Çin’de büyük çalkantılar yaşanıyordu. Talas Savaşı (751) nedeniyle Çin imparatoruna karşı isyanlar patlak verdi. Zor durumda kalan imparator, Moyen-Çur’dan yardım talep etti. Moyen-Çur, imparatorun isteğini yerine getirerek harekete geçti ve imparator bu yardımdan dolayı kızını Moyen-Çur’a eş olarak verdi. Bu durum, Türk-Çin ilişkilerini güçlendirmiştir.
Moyen-Çur, komşu Türk boylarına seferler düzenleyerek onları yönetim altına aldı ve ülke sınırlarını genişletti. Moyen-Çur’un vefatından sonra yerine oğlu Bögü Kağan geçti.
Bögü Kağan Dönemi: Bögü Kağan (759-780) döneminde de Çin içinde karışıklık sürüyordu. Bögü Kağan, isyan edenlere karşı Çin imparatorunu desteklemekteydi, ancak bir süre sonra Çin’e yönelik korumacı tutumunu terk etti. Çin’in içindeki kargaşadan faydalanmak isteyen Bögü Kağan, bu ülkeyi ele geçirmek üzere harekete geçti ve Çin’in birçok şehrini işgal etti. Bu işgaller sırasında büyük miktarda ganimet elde edildi ve Uygur Devleti, Bögü Kağan’ın hükümdarlığı sırasında önemli ölçüde zenginleşti. Onun döneminde büyük saraylar inşa edildi.
Bögü Kağan Dönemi’nin önemli olaylarından biri, Manihaizm dininin ülkeye girmesidir. Manihaizm’i kabul eden Bögü Kağan, Karabalgasun’da bir tapınak inşa ettirdi. Onun döneminde Manihaizm, devletin resmi dini haline geldi; ancak bu din sadece kağan ve çevresindekiler tarafından kabul gördü.
Manihaizm, et yemeyi ve savaşmayı yasakladığı için Türk gelenekleri ve yaşam tarzı ile uyuşmuyordu. Bu durum, Uygurların savaşçı yeteneklerini azalttı. Ayrıca, Manihaizmin Uygurlar üzerindeki olumlu etkileri de oldu; bu dinin etkisiyle yerleşik hayata geçiş yaptılar ve yeni inançlarını halkına öğretmek amacıyla çok sayıda kitap kaleme aldılar. Bu kitapların basımında matbaanın temeli sayılabilecek kalıplar kullanıldı. Yerleşik hayata geçen Uygurlar, tarım ve ticarettes önemli ilerlemeler kaydettiler. Tarım alanında sulama kanalları inşa ettiler ve ticaret alanında özellikle Çinlilerle yoğun ilişkiler geliştirdiler. Bögü Kağan, Çin seferine çıkma konusunda yaşanan bir anlaşmazlık sonucu veziri Baga Tarkan tarafından öldürüldü (780). Ardından Uygur Devleti’nin başına Baga Tarkan (780-789) geçti.
Baga Tarkan Dönemi: Baga Tarkan, ülkede düzeni sağlamak amacıyla çeşitli yasalar çıkardı. Uygurların içinde bulunan Dokuz Oğuzlara karşı olumsuz bir tutum sergilemesi, devlet içerisinde büyük karışıklıklara yol açtı. Baga Tarkan ve sonrasındaki kağanlar döneminde görülen açlık, kıtlık ve salgın hastalıklar, devleti ciddi biçimde zayıflattı. 840 yılında Kırgızlar, Uygur topraklarına saldırarak başkenti ele geçirdiler ve hakanı öldürerek Uygur Devleti’ne son verdiler.
Uygur Devleti’nin çöküşünden sonra, Uygurların çoğunluğu Karluk ülkesine, Çin sınırlarına, Beşbalık ve Turfan bölgelerine yerleşti. Buralarda yeni siyasi varlıklar kurdular.
Kansu Uygur Devleti (Sarı Uygurlar): Uygur Devleti’nin çökmesi sonrasında bir grup Uygur, Çin’in kuzeyindeki Kansu bölgesine göç ederek burada Kansu Uygur Devleti’ni kurdular. Kansu Uygurları, Çin ile ticari ilişkiler kurdular ve bu ilişkileri akrabalık bağları ile de pekiştirdiler. X. yüzyıldan itibaren bağımsız bir yaşam sürmeye başladılarsa da siyasi ve askeri anlamda güçlenemediler. 940 yılında, önce Kitanların, ardından Tangutların, ardından Cengiz Han’ın yönetimindeki Moğolların hâkimiyetini tanıdılar (1226).
Doğu Türkistan Uygur Devleti (Turfan Uygurları): Beşbalık, Turfan ve Koçu bölgelerine yerleşen Uygurlar 856’da bir devlet kurdular. Çin, Tibetlilerin saldırılarına karşı bu devleti tanıdı. Uygurlar, ticaret yaparak ekonomik açıdan güçlendiler ve uzun süre varlıklarını sürdürdüler. 1209 yılında Moğolların yönetimini tanıdılar. Turfan Uygurları, Moğol devlet kademelerinde memurluk, kâtiplik ve hatta yöneticilik yaptılar. Moğolların Türk kültüründen etkilenmesinde de önemli bir rol oynadılar.