Hz. Osman’ın on iki yıllık halifeliğinin ilk yarısında genellikle huzur, sükûnet, birlik ve beraberlik hâkimdi. Önceki halifelerin döneminde başlatılan fetihler devam ettirildi.
Müslümanlar, Suriye ve Mısır’ın fethi ile Akdeniz kıyılarına erişim sağlamışlardı. Hz. Osman Dönemi’nde bir donanma oluşturularak denizlerde fetihler de gerçekleştirilmeye başlandı. 649 yılında Kıbrıs’a, 652’de Sicilya Adası’na ve 653-54 yıllarında tekrar Kıbrıs’a akınlar düzenlendi.
Bizans İmparatoru II. Konstantinos, Kuzey Afrika’daki Müslüman hâkimiyetini sona erdirmek için büyük bir donanma hazırlattı. Abdullah bin Sa’d komutasındaki Müslüman güçler, Finike açıklarındaki Zatu’s-Savarı Savaşı’nda bu donanmayı tamamen yok etti. II. Konstantinos ancak yaralı olarak kurtulabildi.
Hz. Osman döneminde İslam orduları, doğuda Türkistan’a kadar ilerledi, kuzeyde Anadolu ve Dağıstan’a, batıda ise Atlas Okyanusu’na ulaştı. Ayrıca, Afrika’nın kuzeyi de tam anlamıyla Müslümanlar tarafından kontrol altına alındı. Ancak Hz. Osman’ın halifeliğinin ikinci yarısında, 650 yılından itibaren Müslümanlar arasında küçük çaplı çatışmalar başladı.
Kûfe, Basra, Şam ve Mısır gibi önemli merkezlerde ve hatta başkent Medine’de iktidara karşı bireyler ve gruplar ortaya çıkmaya başladı. O, valiliklere genellikle yakın akrabalarını ve Beni Ümeyye’ye yakınlığıyla bilinen kişileri atıyordu. Bu uygulamalar sahabeler tarafından hoş karşılanmadı. Ayrıca, akrabalarına yaptığı bağışlar da eleştirileri beraberinde getirdi.
Hz. Osman, eleştirilerde bulunan sahabelere zaman zaman sert yanıtlar verdi. Hatta bazılarını sürgün etti. Bu sahabelerin önde gelenlerinden Ebu Zer, Suriye’de Muaviye’yi bazı harcamaları dolayısıyla eleştiriyordu. Bu görüşler, özellikle yoksul halk ile yönetim karşıtı bireyler arasında ilgi gördü. Bu durum, iktidar ve zenginlere karşı bir hareketin başlamasına yol açtı. Ebu Zer ile Şam Valisi Muaviye’nin arasının açılması üzerine Muaviye durumu Hz. Osman’a bildirdi. Sonunda Ebu Zer, Medine yakınlarındaki Rebeze’de zorunlu ikamete tabi tutuldu.
İslam’ın farklı bölgelere yayılması, Kur’an’ın çoğaltılmasını zorunlu hale getirdi. Çoğaltılan Kur’an nüshalarının vilayetlere gönderilmesi, Müslümanların çoğunluğu tarafından olumlu karşılandı. Hz. Osman, vilayetlerden Medine’ye gelen çeşitli grupları toplayarak kendisine yöneltilen suçlamalara şu şekilde cevap verdi:
- Kur’an’ı ana nüshadan çoğaltıp geri kalanlarını yaktırma konusundaki kararının, Kur’an’ın Allah katından geldiği gerçeğini dikkate alarak alındığını belirtti.
- Hz. Osman, Mekke’den Taif’e sürülen Hakem bin Ebu’l As’ın geri dönmesine, kendi değil, Hz. Peygamber’in izin verdiğini ifade etti.
- Atadığı kişilerin bu işe ehil olduklarını vurgulayan Hz. Osman, Hz. Peygamber’in Üsame’yi ordu komutanı tayin ettiği sırada yapılan itirazları hatırlatarak savunma yaptı.
Bu savunmalar ve ortaya konan gerekçeler dışında, Hz. Osman’a karşı isyanın sebeplerinin başka alanlarda da bulunduğu gözlemlenmektedir. Bu bağlamda, fetihlerin yavaşlaması, sahabe neslinin azalması ve merkezden uzaklaşmaları, sahabelere karşı değişen bakış açıları, yeni fethedilen bölgelerde İslam’ın tam anlamıyla yerleşememesi, asabiyet ve kabile taassubunun yeniden ön plana çıkması gibi nedenler sıralanabilir.
656 yılının nisan ayında Mısır, Kûfe ve Basralılardan oluşan muhalif gruplar, hac gerekçesiyle yola çıktılar. Bu gruplar, halifenin görevden uzaklaştırılmasını talep ediyorlardı. Hz. Ali, Mısır’dan gelen isyancılarla görüştü. Bu görüşmelerin ardından görevden alınan Mısır valisinin yerine Hz. Ebu Bekir’in oğlu Muhammed vali olarak atandı.
Medine’den ayrılan isyancı gruplar, çok geçmeden kendilerine öldürülmeleri emredilen bir mektup ele geçirdikleri için geri döndüler. Mektup, halifenin mührünü taşıyordu. Ancak Hz. Osman, mektuptan haberdar olmadığını belirtti.
Sonunda mektubun, halifenin bilgisi olmadan, onun sözüne dayanarak katibi Mervan tarafından yazıldığı iddiaları gündeme geldi. İsyancılar, halifeden Mervan’ı kendilerine teslim etmesini talep ettiklerinde, bu talepleri kabul edilince halifenin evini kuşattılar. Bir grup isyancı içeri girerek Hz. Osman’ı şehit etti.